La Comisión Ejecutiva Permanente (CEPCIDI) es el órgano ejecutivo permanente del CIDI. Funciona en la misma sede que el Consejo Permanente y la Secretaría General y tiene la finalidad de adoptar decisiones y formular recomendaciones en lo relativo a la planificación, programación, presupuesto, control de gestión, seguimiento y evaluación de los proyectos y actividades de cooperación que se ejecuten en el ámbito del CIDI.

La CEPCIDI está integrada por los representantes titulares y suplentes que cada Estado Miembro designe. La CEPCIDI tiene un Presidente y un Vicepresidente que son elegidos anualmente por el CIDI. La CEPCIDI celebra reuniones ordinarias o extraordinarias, de acuerdo a lo establecido en su Reglamento.

La CEPCIDI cuenta con las Subcomisiones de Programa, Presupuesto y Evaluación, de carácter permanente y de Políticas de Cooperación Solidaria para el Desarrollo, ambas de carácter permanente. Se encuentra funcionando también el Grupo de Trabajo sobre Desarrollo Sostenible, instalado con carácter temporal.